Die PTH Benediktbeuern ist den theologischen Fakultäten an staatlichen Universitäten gleichgestellt, d. h. das Studium der Katholischen Theologie kann hier mit dem Diplom, dem Lizentiat, der Promotion und der Habilitation abgeschlossen werden.

Zu den Benediktbeurer Besonderheiten gehört es, daß die Jugendpastoral durch einen eigenen Lehrstuhl vertreten ist. Aufgrund der Kooperation von Philosophisch-Theologischer Hochschule und Katholischer Stiftungsfachhochschule für Sozialwesen ist in Benediktbeuern ein »Doppelstudium« in Katholischer Theologie und Sozialer Arbeit möglich.

Die Trägerin der PTH, die Ordensgemeinschaft der Salesianer Don Boscos, legt großen Wert auf eine intensive Verbindung von Theorie und Praxis. Daher arbeitet die Hochschule auch mit den übrigen im Kloster Benediktbeuern befindlichen Bildungs- und Jugendeinrichtungen (Institut für Salesianische Spiritualität, Jugendpastoralinstitut Don Bosco, Jugendbildungsstätte Aktionszentrum, Zentrum für Umwelt und Kultur) eng zusammen.

Ehemalige Studierende der PTH sind überwiegend in pastoralen Berufsfeldern zu finden. Sie arbeiten in Pfarrgemeinden, bei Jugendverbänden, in Jugendzentren, in Jugendbildungsstätten, als Pastoralreferenten, als Religionslehrer, als Streetworker, als Wissenschaftler und als Priester. In den letzten Jahren haben Benediktbeurer Absolventen sich zunehmend neue Tätigkeitsbereiche erschlossen: Journalismus und Verlagswesen, Personalabteilungen von Wirtschaftsunternehmen, Computerfirmen, Reiseunternehmen, die Bereiche Umwelt, Kultur und Politik.

Ab dem Wintersemester 2007/08 erhebt die PTH Studienbeiträge.

Ab dem Wintersemester 2010/11 soll der Diplomstudiengang Katholische Theologie modularisiert werden.